Příkladem takových nevýhod Google Analytics je například:

• Není možné přizpůsobit existující reporty nebo implementovat vlastní - dostupné jsou pouze reporty navržené a imlpemetované Googlem.
• JS knihovna nemá přístup k interním parametrům vaší aplikace, takže je není možné zalogovat. Často se například hodí uložit detaily o uživateli (user ID, apod.) nebo parametry requestu (jazyk, důležité HTTP hlavičky apod.) aby je bylo možno použít při generování reportů.
• Shromážděná data nejsou pod vaší kontrolou - v podstatě je plně kontroluje Google, a jsou lidé kteří věří že Google je čiré zlo (Ne, já si to nemyslím, ale také si nejsem jist že by společnost Google byla 100% spolehlivá.) Dobře známý citát říká "To že nejsi paranoidní ještě neznamená že po tobě nejdou.")
• A další důvod týkající se bezpečnosti / spolehlivosti - logování je prováděno Javascriptovou knihovnou, načítanou z jiného serveru. Pokud by se někomu podařilo podstrčit vlastní verzi této knihovny (starým známým "man-in-the-middle" útokem, DNS hijackingem apod.) mohl by návštěvníkům vašeho webu dělat nepěkné věci. A i kdyby se žádný takový útok nekonal, google server nemusí být z nějakého důvodu dostupný - to vašim stránkám způsobí významné problémy (jistě, můžete vytvořit lokální kopii knihovny, ale kdo to dělá?)

Výše uvedené výhrady neznamenají že nemám rád Google Analytics - prostě si jenom nemyslím že by se hodil na všechny projekty.